差异基因富集分析（R语言——GO&KEGG&GSEA）

接着上次的内容，上篇内容给大家分享了基因表达量怎么做分组差异分析，从而获得差异基因集，想了解的可以去看一下，这篇主要给大家分享一下得到显著差异基因集后怎么做一下通路富集。

1.准备差异基因集

我就直接把上次分享的拿到这边了。我们一般都把差异基因分为上调基因和下调基因分别做通路富集分析。下面上代码，可能包含我的一些个人习惯，勿怪。显著差异基因的筛选条件根据个人需求设置哈。

##载入所需R包
library(readxl)
library(DOSE)
library(org.Hs.eg.db)
library(topGO)
library(pathview)
library(ggplot2)
library(GSEABase)
library(limma) 
library(clusterProfiler)
library(enrichplot)
##edger
edger_diff