Mamba - 可替代 Conda 的 Python 包管理工具

2024-06-18 1143阅读

文章目录

一、关于 Mamba
二、安装 Mamba

1、全新安装（推荐）（Miniforge
2、现有`conda`安装（不推荐）
3、Docker 镜像
4、Conda libmamba 求解器
三、安装 Micromamba

1、使用操作系统包管理器

Homebrew
2、从 Mamba-org releases 安装

1）自动安装（推荐）
2）自我更新
3）手动安装

Linux 和 macOS
Windows
3、Nightly builds
4、Docker 镜像
5、从源代码构建
6、Shell 补全
四、概念

1、Prefix/Environment
2、根前缀
3、基础环境
4、激活/停用

激活
停用
五、Mamba 用户指南

快速开始
`mamba`与`conda`CLI
Specification 文件
Repoquery
六、Micromamba 用户指南

快速入门
Specification 文件

简单文本规范文件
Conda YAML 规范文件
显式规范文件

`conda-lock`YAML 规范文件

一、关于 Mamba

Mamba 是一个快速、强大、跨平台的包管理器。

它可以在 Windows、OS X 和 Linux（包括 ARM64 和 PPC64LE）上运行，并且与conda软件包完全兼容并支持大多数 conda 命令。

文档：https://mamba.readthedocs.io/en/latest/index.html

二、安装 Mamba

1、全新安装（推荐）（Miniforge

我们建议您从Miniforge 发行版>=Miniforge3-22.3.1-0 开始。

如果您需要旧版本的 Mamba，请使用 Mambaforge 发行版。

Miniforge 预配置了流行的conda-forge通道，但您可以修改配置以使用您喜欢的任何通道。

安装成功后，您可以按照 mamba 用户指南中的说明使用 mamba 命令。

注意：

安装后，请确保您没有配置 Anaconda 默认通道。
不要在base环境中安装任何东西，因为这可能会破坏您的安装。详细信息请参见此处。

2、现有conda安装（不推荐）

警告：不推荐这种安装 Mamba 的方式。我们强烈建议使用 Miniforge 方法（见上文）。

要获取 mamba，只需从 conda-forge 通道安装到基础环境中即可：

# NOT RECOMMENDED: This method of installation is not recommended, prefer Miniforge instead (see above)
# conda install -n base --override-channels -c conda-forge mamba 'python_abi=*=*cp*'

注：将 mamba 不支持安装到 base 之外的环境中。

3、Docker 镜像

除了 Miniforge 独立发行版（见上文）之外，还有 condaforge/miniforge3 docker 镜像：

docker run -it --rm condaforge/miniforge3:latest mamba info

4、Conda libmamba 求解器

为了获得与快速 Mamba 求解器完全兼容的 conda 体验， conda-libmamba-solver现在默认随 Conda 一起提供。只需使用最新版本的 Conda 即可享受速度提升。

三、安装 Micromamba

micromamba是完全静态链接的、独立的、可执行的。这意味着base环境完全是空的。

micromamba 的配置略有不同，即所有环境和缓存都会默认创建在MAMBA_ROOT_PREFIX环境变量下。

也没有预先配置micromamba 附带的 .condarc/.mambarc （但如果存在，它们仍然会被读取）。

1、使用操作系统包管理器

Homebrew

在 macOS 上，您可以micromamba从Homebrew安装：

brew install micromamba

2、从 Mamba-org releases 安装

1）自动安装（推荐）

注：这是安装 micromamba 的推荐方法。

如果您使用的是 macOS、Linux 或 Windows 上的 Git Bash，有一种简单的方法可以安装micromamba.只需在您喜欢的 shell 中执行安装脚本即可。

对于 Linux、macOS 或 Windows 上的 Git Bash，请使用以下命令安装：

"${SHELL}" =3.5.0 and default version of cartopy

mamba与condaCLI

mamba是一个直接替代品，并使用与 conda 相同的命令和配置选项。

您可以在conda 和 mamba 之间交换几乎所有命令：

mamba install ...
mamba create -n ... -c ... ...
mamba list

Specification 文件

mamba支持与相同的环境规范文件格式conda。

注意：虽然micromamba 支持 conda-lock“统一”锁定文件，但 Mamba 目前不支持。

Repoquery

mamba 具有 conda stock 之上的功能。要高效地查询存储库和查询包依赖关系，您可以使用 mamba repoquery 。

这里有些例子：

# will show you all available xtensor packages.
$ mamba repoquery search xtensor
# you can also specify more constraints on this search query
$ mamba repoquery search "xtensor>=0.18"
# will show you a list of the direct dependencies of xtensor.
$ mamba repoquery depends xtensor
# will show you a list of the dependencies (including dependencies of dependencies).
$ mamba repoquery depends xtensor --recursive

--recursive 标志还显示依赖包的递归（即传递）依赖关系，而不仅仅是直接依赖关系。

通过 -t,--tree标志，您可以在树中获得与递归查询相同的信息。

$ mamba repoquery depends -t xtensor
xtensor == 0.21.5
├─ libgcc-ng [>=7.3.0]
│ ├─ _libgcc_mutex [0.1 conda_forge]
│ └─ _openmp_mutex [>=4.5]
│   ├─ _libgcc_mutex already visited
│   └─ libgomp [>=7.3.0]
│     └─ _libgcc_mutex already visited
├─ libstdcxx-ng [>=7.3.0]
└─ xtl [>=0.6.9,=7.23.1 pkgs/main
ipywidgets      7.6.5   pyhd3eb1b0_1   ipython >=4.0.0  pkgs/main

通过-t,--tree标志，您可以在树中获取相同的信息。

$ mamba repoquery whoneeds -t ipython
ipython[8.2.0]
├─ jupyter_console[6.4.3]
│  └─ jupyter[1.0.0]
├─ ipykernel[6.9.1]
│  ├─ notebook[6.4.8]
│  │  ├─ widgetsnbextension[3.5.2]
│  │  │  └─ ipywidgets[7.6.5]
│  │  │     └─ jupyter already visited
│  │  └─ jupyter already visited
│  ├─ jupyter_console already visited
│  ├─ ipywidgets already visited
│  ├─ jupyter already visited
│  └─ qtconsole[5.3.0]
│     └─ jupyter already visited
└─ ipywidgets already visited

注：depends和whoneeds子命令要求在您的环境中安装指定的软件包，或者使用 -c,--channel 标志指定通道。

当search使用子命令而未明确指定通道（使用前面提到的标志）时，将考虑配置期间设置的通道来执行搜索。

六、Micromamba 用户指南

micromamba是包管理器 mamba 的微型版本。

它是一个静态链接的 C++ 可执行文件，具有单独的命令行界面。

它不需要base环境，也没有默认版本的 Python。

快速入门

micromamba支持所有 mamba 或 conda 命令的子集，并从头开始实现命令行界面。

您可以使用以下命令查看所有已实现的命令：micromamba --help

$ micromamba --help
Subcommands:
  shell                       Generate shell init scripts
  create                      Create new environment
  install                     Install packages in active environment
  update                      Update packages in active environment
  repoquery                   Find and analyze packages in active environment or channels
  remove                      Remove packages from active environment
  list                        List packages in active environment
  package                     Extract a package or bundle files into an archive
  clean                       Clean package cache
  config                      Configuration of micromamba
  info                        Information about micromamba
  constructor                 Commands to support using micromamba in constructor
  env                         List environments
  activate                    Activate an environment
  run                         Run an executable in an environment
  ps                          Show, inspect or kill running processes
  auth                        Login or logout of a given host
  search                      Find packages in active environment or channels

要激活环境，只需调用micromamba activate /path/to/env ，

或者，当它是根前缀中的命名环境时，您也可以使用 micromamba activate myenv。

micromamba期望找到使用 $MAMBA_ROOT_PREFIX 设置的根前缀。您还可以使用 CLI 选项 -r,--root-prefix 来提供它。

命名环境，然后在 $MAMBA_ROOT_PREFIX/envs/.

了解更多详细信息，请阅读配置。

激活环境后，您可以运行install以将新包添加到环境中。

$ micromamba install xtensor -c conda-forge

使用create，您还可以创建环境：

$ micromamba create -n xtensor_env xtensor xsimd -c conda-forge
                                           __
          __  ______ ___  ____ _____ ___  / /_  ____ _
         / / / / __ `__ \/ __ `/ __ `__ \/ __ \/ __ `/
        / /_/ / / / / / / /_/ / / / / / / /_/ / /_/ /
       / .___/_/ /_/ /_/\__,_/_/ /_/ /_/_.___/\__,_/
      /_/
conda-forge/noarch       [====================] (00m:01s) Done
conda-forge/linux-64     [====================] (00m:04s) Done
Transaction
  Prefix: /home/wolfv/miniconda3/envs/xtensor_env
  Updating specs:
  - xtensor
  - xsimd
  Package        Version  Build        Channel                    Size
────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  Install:
────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  _libgcc_mutex      0.1  conda_forge  conda-forge/linux-64     Cached
  _openmp_mutex      4.5  1_gnu        conda-forge/linux-64     Cached
  libgcc-ng        9.3.0  h5dbcf3e_17  conda-forge/linux-64     Cached
  libgomp          9.3.0  h5dbcf3e_17  conda-forge/linux-64     Cached
  libstdcxx-ng     9.3.0  h2ae2ef3_17  conda-forge/linux-64     Cached
  xsimd            7.4.9  hc9558a2_0   conda-forge/linux-64     102 KB
  xtensor         0.21.9  h0efe328_0   conda-forge/linux-64     183 KB
  xtl             0.6.21  h0efe328_0   conda-forge/linux-64     Cached
  Summary:
  Install: 8 packages
  Total download: 285 KB
────────────────────────────────────────────────────────────────────────
Confirm changes: [Y/n] ...

安装完成后，可以通过以下方式激活环境：

$ micromamba activate xtensor_env

Specification 文件

create语法还允许您使用规范或环境文件（也称为规范文件）来轻松地重新创建环境。

支持的语法是：

简单的文本规格文件
Conda YAML 规范文件
显式规格文件

conda-lockYAML 规范文件

简单文本规范文件

该 txt 文件每行包含一个 spec。例如，可能看起来像：

xtensor
numpy 1.19
xsimd >=7.4

要使用此文件，请传递：

$ micromamba create -n from_file -f spec_file.txt -c conda-forge

注：您可以通过重复参数来传递多个文本规范文件-f,--file。

Conda YAML 规范文件

更强大的是YAML如下文件，因为它们已经包含所需的环境名称和要使用的通道：

name: testenv
channels:
  - conda-forge
dependencies:
  - python >=3.6,=5.1
  - ipywidgets

它们的使用方式与文本文件相同：

$ micromamba create -f env.yml

注：CLI 选项将优先于规范文件中指定的目标前缀或通道。

注：您可以通过重复 -f,--file参数，来传递多个 YAML规范文件。

显式规范文件

使用conda您可以生成显式环境锁定文件。为此，创建一个环境，激活它，然后执行：

$ conda list --explicit --md5

这些环境文件如下所示，并且精确地“固定”所需的包+版本+构建字符串。每个包还具有可重复性的校验和：

# This file may be used to create an environment using:
# $ conda create --name  --file 
# platform: linux-64
@EXPLICIT
https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/_libgcc_mutex-0.1-conda_forge.tar.bz2#d7c89558ba9fa0495403155b64376d81
https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/libstdcxx-ng-9.3.0-h2ae2ef3_17.tar.bz2#342f3c931d0a3a209ab09a522469d20c
https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/libgomp-9.3.0-h5dbcf3e_17.tar.bz2#8fd587013b9da8b52050268d50c12305
https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/_openmp_mutex-4.5-1_gnu.tar.bz2#561e277319a41d4f24f5c05a9ef63c04
https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/libgcc-ng-9.3.0-h5dbcf3e_17.tar.bz2#fc9f5adabc4d55cd4b491332adc413e0
https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/xtl-0.6.21-h0efe328_0.tar.bz2#9eee90b98fd394db7a049792e67e1659
https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/xtensor-0.21.8-hc9558a2_0.tar.bz2#1030174db5c183f3afb4181a0a02873d

要使用安装这样的文件micromamba，只需再次传递该-f标志：

$ micromamba create -n xtensor -f explicit_env.txt

注：显式规范文件是单平台的。

conda-lockYAML 规范文件

使用conda-lock，您可以生成锁定文件，该文件与显式规范文件一样，精确固定并包含每个包的校验和以实现可重复性。与显式规范文件不同，这些“统一”锁定文件是多平台的。

这些文件默认命名为 conda-lock.yml，如下所示：

# This lock file was generated by conda-lock (https://github.com/conda/conda-lock). DO NOT EDIT!
#
# A "lock file" contains a concrete list of package versions (with checksums) to be installed. Unlike
# e.g. `conda env create`, the resulting environment will not change as new package versions become
# available, unless you explicitly update the lock file.
#
# Install this environment as "YOURENV" with:
#     conda-lock install -n YOURENV --file conda-lock.yml
# To update a single package to the latest version compatible with the version constraints in the source:
#     conda-lock lock  --lockfile conda-lock.yml --update PACKAGE
# To re-solve the entire environment, e.g. after changing a version constraint in the source file:
#     conda-lock -f environment.yml --lockfile conda-lock.yml
version: 1
metadata:
  content_hash:
    osx-64: c2ccd3a86813af18ea19782a2f92b5a82e01c89f64a020ad6dea262aae638e48
    linux-64: 06e0621a9712fb0dc0b16270ddb3e0be16982b203fc71ffa07408bf4bb7c22ec
    win-64: efee77261626b3877b9d7cf7bf5bef09fd8e5ddfc79349a5f598ea6c8891ee84
  channels:
  - url: conda-forge
    used_env_vars: []
  platforms:
  - linux-64
  - osx-64
  - win-64
  sources:
  - environment.yml
package:
- name: _libgcc_mutex
  version: '0.1'
  manager: conda
  platform: linux-64
  dependencies: {}
  url: https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/_libgcc_mutex-0.1-conda_forge.tar.bz2
  hash:
    md5: d7c89558ba9fa0495403155b64376d81
    sha256: fe51de6107f9edc7aa4f786a70f4a883943bc9d39b3bb7307c04c41410990726
  category: main
  optional: false
- name: ca-certificates
  version: 2023.5.7
  manager: conda
  platform: linux-64
  dependencies: {}
  url: https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/ca-certificates-2023.5.7-hbcca054_0.conda
  hash:
    md5: f5c65075fc34438d5b456c7f3f5ab695
    sha256: 0cf1bb3d0bfc5519b60af2c360fa4888fb838e1476b1e0f65b9dbc48b45c7345
  category: main
  optional: false

要使用安装这样的文件micromamba，只需再次传递该-f标志：

$ micromamba create -n my-environment -f conda-lock.yml

2024-04-23（二）雨夜蛙鸣

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二、安装 Mamba

1、全新安装（推荐）（Miniforge

2、现有conda安装（不推荐）

3、Docker 镜像

4、Conda libmamba 求解器

三、安装 Micromamba

1、使用操作系统包管理器

Homebrew

2、从 Mamba-org releases 安装

1）自动安装（推荐）

mamba与condaCLI

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六、Micromamba 用户指南

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Specification 文件

简单文本规范文件

Conda YAML 规范文件

显式规范文件

conda-lockYAML 规范文件

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