STAR 命令参数解释

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以这个为例子解释STAR参数含义

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STAR 命令参数解释

STAR \
--outFilterType BySJout \
--runThreadN 8 \
--outFilterMismatchNmax 2 \
--genomeDir  \
--readFilesIn  \
--outFileNamePrefix  \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts \
--outFilterMultimapNmax 1 \
--outFilterMatchNmin 16 \
--alignEndsType EndToEnd

--outFilterType BySJout:
- 过滤类型，BySJout 表示只输出通过Splice Junction过滤的reads。这对于检测新的剪接位点非常有用。
- --runThreadN 8:
  - 使用8个线程进行计算。多线程可以加速处理速度，特别是在多核处理器上。
  - --outFilterMismatchNmax 2:
    - 每个read允许的最大错配数。如果一个read有超过2个错配，则不会被输出。这个参数控制比对的精确度。
    - --genomeDir :
      - 指定参考基因组索引的目录。这里假设是hg19基因组的STAR索引。
      - --readFilesIn :
        
        输入的FASTQ文件，包含待比对的reads。
        
        --outFileNamePrefix :
        
        输出文件的前缀。所有输出文件的名称都会以这个前缀开始。
        
        --outSAMtype BAM SortedByCoordinate:
        
        指定输出文件类型和排序方式。这里输出的文件格式为BAM，并按坐标排序。
        
        --quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts:
        
        TranscriptomeSAM：输出转录组的比对结果（适用于下游转录组分析工具）。
        GeneCounts：生成基因计数文件。
        
        --outFilterMultimapNmax 1:
        
        每个read允许的最大多比对数（multimapping）。设为1意味着只保留唯一比对的reads。如果一个read比对到多个位置，则不会被输出。
        
        --outFilterMatchNmin 16:
        
        每个read的最小比对长度。如果一个read比对的长度小于16bp，则不会被输出。这个参数控制比对的质量。
        
        --alignEndsType EndToEnd:
        
        比对模式，EndToEnd 表示全长比对，要求read的两端都比对到参考基因组。